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Mercredi 29 et jeudi 30 janvier 2020. Le séquençage complet est établi puis partagé par l’Institut Pasteur.
La Plateforme de microbiologie mutualisée P2M (voir encadré en bas de page) a aujourd’hui un très haut niveau de performance ; le délai de production des séquences va en moyenne de trois jours (urgences) à dix jours maximum. Ici, en trois jours, la séquence complète est établie (le 29 janvier) : « Nous avons procédé aux analyses de données durant la nuit du mardi au mercredi, corroborées dans la journée du mercredi par des contre-analyses, explique Vincent Enouf. Le séquençage complet a pu être réalisé en trois jours. »
Séquence complète du coronavirus 2019-nCoV, chez un des premiers cas français, réalisée à l'Institut Pasteur, à l'aide de la Plateforme de microbiologie mutualisée (P2M), ouverte à tous les Centres nationaux de référence (CNR). Crédit : Institut Pasteur / CNR des virus des infections respiratoires.
Zoom sur la séquence complète du coronavirus 2019-nCoV, chez un des premiers cas français, réalisée à l'Institut Pasteur. On voit les bases de l'ARN viral. Crédit : Institut Pasteur / CNR des virus des infections respiratoires.
Qu’apprend-on ? « Les séquences sont identiques dans tous nos prélèvements. Un membre du couple a dû contaminer l’autre, c’est le même virus. » Les deux séquences complètes des virus prélevés sur deux des premiers cas français ont été déposées le 30 janvier sur la plateforme du «Global initiative on sharing all influenza data » (GISAID)1, initialement développée pour le partage des séquences et le suivi de l’évolution génétique des virus grippaux, essentiels pour la définition de la composition du vaccin contre la grippe. Un onglet spécial "coronavirus" a été créé pour que la communauté scientifique collabore et avance plus vite.
« Une vingtaine d’autres séquences du génome du nouveau coronavirus ont été établies dans le monde et, en les comparant avec les nôtres, nous nous apercevons qu’elles sont toutes très proches, il n’y a pas beaucoup de diversité dans les virus analysés ce qui va dans le sens que le coronavirus 2019-nCoV n’a pas eu besoin de muter pour s’adapter et se propager », reprend Vincent Enouf.
Le Centre national de référence (CNR) des virus des infections respiratoires, à l’Institut Pasteur (Paris), fait partie des laboratoires référents de l’OMS pour le coronavirus 2019-nCoV.
Au total, huit personnes du CNR et deux de la plateforme de séquençage P2M ont été mobilisées cette semaine, et continuent à l’être pour surveiller l’épidémie en France.
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PARCIMONIE: En science et en philosophie, la parcimonie est un principe consistant à n'utiliser que le minimum de causes élémentaires pour expliquer un phénomène.
Par exemple, en génétique, ce principe privilégie la séquence avec le minimum de changements évolutifs pour expliquer des relations phylogéniques. Ainsi, lors de la classification évolutive de plusieurs taxons selon plusieurs caractères (par exemple avec un arbre phylogénétique), on applique le principe de parcimonie en cas de difficulté à déterminer quelles espèces sont les plus proches : l'hypothèse de phylogénie retenue est celle qui maximise le nombre d'hypothèses d'homologie (similitude due à une ascendance commune) tout en minimisant le nombre d'hypothèses d'homoplasie (similitude due à une adaptation convergente) ad hoc.
Le principe de parcimonie peut apparaître comme une application du rasoir d'Ockham.
Le rasoir d'Ockham ou rasoir d'Occam est un principe de raisonnement philosophique entrant dans les concepts de rationalisme et de nominalisme. Le terme vient de « raser » qui, en philosophie, signifie « éliminer des explications improbables d'un phénomène » et du philosophe du xive siècle Guillaume d'Ockham.
Également appelé principe de simplicité, principe d'économie ou principe de parcimonie (en latin « lex parsimoniae »), il peut se formuler comme suit :
Pluralitas non est ponenda sine necessitate
(les multiples ne doivent pas être utilisés sans nécessité)
Une formulation plus moderne est que « les hypothèses suffisantes les plus simples doivent être préférées ». C'est un des principes heuristiques fondamentaux en science, sans être pour autant à proprement parler un résultat scientifique. Dans le langage courant, le rasoir d'Ockham pourrait s'exprimer par la phrase « Pourquoi faire compliqué quand on peut faire simple ? ».
Cependant, « la simplicité » dont il est question ici ne signifie pas que l'hypothèse la plus simpliste, la plus évidente ou la plus conventionnelle soit forcément la bonne. Le rasoir ne prétend pas désigner quelle hypothèse est vraie, il indique seulement laquelle devrait être considérée en premier1.
La rationalité est aujourd'hui comprise comme la pratique de la logique à laquelle on a adjoint le principe de parcimonie. Ce principe, ou principe d'économie d'hypothèses, implique que lorsqu'un chercheur propose « une inférence sur le monde réel, le meilleur scénario ou la meilleure théorie est celui qui fait intervenir le plus petit nombre d'hypothèses ad hoc, c'est-à-dire hypothèses non documentées »
